Hệ thống pháp luật về quản lý thuế và hóa đơn, chứng từ điện tử vừa có sự điều chỉnh toàn diện với sự ban hành của Nghị định số 254/2026/NĐ-CP và Thông tư số 91/2026/TT-BTC (có hiệu lực thi hành từ ngày 01/07/2026). Việc nắm bắt chính xác các quy chuẩn mới về cơ sở dữ liệu, thời điểm lập, quy định ký số cũng như quy trình xử lý hóa đơn sai sót là yêu cầu cấp thiết giúp doanh nghiệp và bộ phận kế toán vận hành chuẩn xác, hạn chế tối đa rủi ro tuân thủ.
Bài viết dưới đây tổng hợp đầy đủ các nội dung chuyên môn trọng tâm để quý doanh nghiệp và người nộp thuế dễ dàng tra cứu.
Khái niệm, thành phần và nguyên tắc xây dựng cơ sở dữ liệu hóa đơn điện tử
Cơ sở dữ liệu hóa đơn điện tử là hệ thống thông tin tập trung, tập hợp toàn bộ dữ liệu về hóa đơn và chứng từ điện tử của các tổ chức, doanh nghiệp, hộ và cá nhân kinh doanh phát sinh trong quá trình bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, phục vụ trực tiếp cho công tác quản lý nhà nước.
Các đơn vị phối hợp xây dựng hệ thống: Cục Thuế, Kho bạc Nhà nước, Cơ quan Quản lý thị trường, Cục Quản lý đất đai, Cục Địa chất & Khoáng sản Việt Nam, Công an, Giao thông, Y tế và các cơ quan quản lý liên quan. Riêng doanh nghiệp sản xuất, nhập khẩu hàng hóa chịu thuế tiêu thụ đặc biệt có sử dụng tem điện tử có trách nhiệm quét mã QR để kết nối dữ liệu liên thông với cơ quan thuế.
Thành phần dữ liệu bao gồm: Thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử; thông báo hủy hóa đơn, chứng từ; dữ liệu hóa đơn và chứng từ điện tử gửi cơ quan thuế; các thông tin khai thuế liên quan đến hóa đơn, chứng từ.
Nguyên tắc vận hành: Quản lý thống nhất trên phạm vi toàn quốc; đảm bảo tính chính xác, kịp thời, minh bạch và an toàn bảo mật; kết nối, chia sẻ dữ liệu liên thông giữa các bộ, ngành nhằm chống gian lận thương mại và thất thu thuế.
Các trường hợp hóa đơn điện tử không bắt buộc ghi đầy đủ đơn vị tính, số lượng, đơn giá
Theo Điểm 9 Phụ lục ban hành kèm Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, 05 nhóm giao dịch đặc thù sau đây được miễn lược bỏ một số chỉ tiêu trên hóa đơn:
Tem, vé, thẻ điện tử có sẵn mệnh giá: Không bắt buộc hiển thị đơn vị tính, số lượng, đơn giá.
Hoạt động xây dựng, lắp đặt (gồm cả xây nhà để bán thu tiền theo tiến độ): Không bắt buộc hiển thị đơn vị tính, số lượng, đơn giá.
Hóa đơn thanh toán Interline giữa các hãng hàng không: Không bắt buộc ghi đơn vị tính, số lượng, đơn giá (và một số chỉ tiêu đặc thù khác theo quy định).
Hóa đơn hãng hàng không xuất cho đại lý (lập theo báo cáo đối chiếu, bảng kê tổng hợp): Không bắt buộc ghi đơn giá.
Doanh nghiệp quốc phòng, an ninh (hoạt động xây dựng, lắp đặt, sản xuất, cung cấp dịch vụ phục vụ quốc phòng, an ninh): Không bắt buộc ghi đơn vị tính, số lượng, đơn giá.
Thời điểm lập hóa đơn điện tử đối với dịch vụ thương mại điện tử quy mô lớn
Theo Khoản 4 Điều 9 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, quy định thời điểm lập hóa đơn đối với dịch vụ thương mại điện tử phát sinh thường xuyên, có số lượng giao dịch lớn và cần thời gian đối soát dữ liệu được áp dụng như sau:
Thời điểm thực hiện: Lập hóa đơn ngay khi các bên hoàn thành đối soát dữ liệu.
Giới hạn thời gian tối đa: Không được chậm hơn ngày 07 của tháng kế tiếp tháng phát sinh dịch vụ, hoặc không quá 07 ngày kể từ ngày kết thúc kỳ quy ước (theo thỏa thuận giữa hai bên).
Quy định về thời điểm ký số và nguyên tắc kê khai thuế khi lệch thời điểm
Nghị định số 254/2026/NĐ-CP làm rõ quy tắc xử lý trong trường hợp ngày lập hóa đơn và ngày ký số không trùng nhau:
Quy định thời gian ký số: Trường hợp thời điểm ký số khác thời điểm lập hóa đơn, việc ký số và truyền dữ liệu đến cơ quan thuế phải thực hiện chậm nhất vào ngày làm việc tiếp theo kể từ thời điểm lập (trừ trường hợp chuyển dữ liệu theo Bảng tổng hợp/Bảng thông tin chi tiết).
Kê khai thuế phía người bán: Kê khai theo đúng thời điểm lập hóa đơn.
Kê khai thuế phía người mua: Khai thuế tại thời điểm nhận được hóa đơn điện tử hợp lệ (đầy đủ nội dung và hình thức theo quy định), hoàn toàn không căn cứ vào thời điểm ký số.
Tiêu chí xác định người nộp thuế có rủi ro cao khi đăng ký hóa đơn điện tử
Theo Điều 7 Thông tư số 91/2026/TT-BTC, từ ngày 01/07/2026, cơ quan thuế áp dụng 05 tiêu chí đánh giá rủi ro (chỉ cần vi phạm 01 tiêu chí sẽ bị xếp vào diện rủi ro cao):
Lịch sử gian lận: Chủ sở hữu hoặc người đại diện pháp luật từng có dữ liệu liên quan đến hành vi gian lận, mua bán hóa đơn.
Giao dịch đáng ngờ: Đứng tên trong danh sách giao dịch đáng ngờ theo Luật Phòng, chống rửa tiền.
Địa chỉ đăng ký không hợp lệ: Trụ sở không có địa chỉ cụ thể theo địa giới hành chính hoặc đăng ký tại căn hộ chung cư không có chức năng kinh doanh (không áp dụng đối với cá nhân kinh doanh).
Liên quan đến doanh nghiệp vi phạm: Người đại diện/chủ sở hữu đồng thời đại diện cho đơn vị đã ngừng hoạt động nhưng chưa đóng mã số thuế, không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc có vi phạm về thuế, hóa đơn.
Dấu hiệu rủi ro khác: Do cơ quan thuế đánh giá theo tiêu chí tại Thông tư số 94/2026/TT-BTC và có thông báo yêu cầu giải trình.
Phân quyền các bên được khai thác, sử dụng thông tin hóa đơn điện tử
Căn cứ Khoản 2 Điều 36 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP, các chủ thể được thẩm quyền tra cứu và sử dụng dữ liệu hóa đơn điện tử bao gồm:
Người bán, người mua, bên nhận ủy nhiệm lập hóa đơn.
Các cơ quan quản lý Nhà nước (thực hiện thủ tục hành chính, thanh tra, kiểm tra, kiểm toán, tố tụng, kiểm soát hàng hóa lưu thông).
Các tổ chức tín dụng (phục vụ thủ tục thuế, thanh toán qua ngân hàng).
Các đơn vị cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử và đơn vị sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN.
Cơ quan thuế nước ngoài (theo các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên).
Tổ chức được người bán ủy quyền theo quy định của pháp luật.
Quy trình xử lý hóa đơn điện tử lập sai nội dung từ ngày 01/07/2026
Thông tư số 91/2026/TT-BTC hướng dẫn hai nhóm phương án xử lý hóa đơn điện tử có sai sót đối với các hóa đơn phát sinh từ ngày 01/07/2026:
1. Trường hợp sai sót về chỉ tiêu quan trọng (Mã số thuế, tên hàng hóa, quy cách, số tiền, thuế suất, tiền thuế...):
Lựa chọn 1 (Điều chỉnh): Lập hóa đơn điều chỉnh và ghi rõ "Điều chỉnh cho hóa đơn Mẫu số... ký hiệu... số... ngày.../.../...".
Lựa chọn 2 (Thay thế): Lập hóa đơn thay thế mới và ghi rõ "Thay thế cho hóa đơn Mẫu số... ký hiệu... số... ngày.../.../...".
Thủ tục kèm theo: Trường hợp người mua là doanh nghiệp, hộ/cá nhân kinh doanh thì hai bên phải lập văn bản thỏa thuận nêu rõ sai sót trước khi xử lý. Trường hợp người mua là cá nhân không kinh doanh, người bán thực hiện thông báo trực tiếp hoặc đăng tải trên website mà không bắt buộc lập văn bản thỏa thuận. Các trường hợp chuyển dữ liệu theo Bảng tổng hợp hoặc giao dịch sàn thương mại điện tử cũng không bắt buộc lập văn bản thỏa thuận.
2. Trường hợp chỉ sai duy nhất địa chỉ người mua:
Người bán thực hiện thông báo sai sót cho người mua và gửi Mẫu 04/SS-HĐĐT cho cơ quan thuế.
Không phải lập lại hóa đơn mới hoặc hóa đơn điều chỉnh/thay thế.
Quy định chuyển tiếp đối với hóa đơn lập sai trước ngày 01/07/2026
Điều 24 Thông tư số 91/2026/TT-BTC quy định cụ thể việc xử lý chuyển tiếp cho các hóa đơn đã lập ở giai đoạn trước:
Đối với hóa đơn lập theo Nghị định 51/2010/NĐ-CP hoặc Nghị định 04/2014/NĐ-CP bị phát hiện sai: Hai bên lập văn bản thỏa thuận ghi rõ sai sót, người bán lập hóa đơn điện tử mới thay thế (ghi rõ thông tin thay thế) và gửi cho người mua hoặc gửi cơ quan thuế cấp mã.
Đối với hóa đơn đã lập theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP, Nghị định 70/2025/NĐ-CP hoặc Thông tư 32/2025/TT-BTC bị sai: Không áp dụng quy định chuyển tiếp riêng mà thực hiện điều chỉnh hoặc thay thế theo quy định hiện hành tại thời điểm xử lý.